Die einfachen aber sauberen Unterkünfte des NAD Lembeh Resorts sind über das Anwesen, inmitten der sattgrünen Natur, verteilt. Zwei Kategorien stehen zur Auswahl: Meerblick Bungalows und Beachfront Zimmer.

Die zehn Beachfront/ Poolside Zimmer verteilen sich auf ein langes geschwungenes Gebäude und haben grosse blickdicht verglaste Fronten. So sind sie recht hell und freundlich und bieten ausserdem immer einen wunderbaren Blick in die schöne Gartenanlage und auf das Meer. Jedes Zimmer verfügt über ein Badezimmer mit europäischer Toilette, Waschbecken und Dusche mit Warmwasser sowie eine Terrasse. Alle Zimmer sind mit Klimaanlage ausgestattet, sechs der Zimmer mit einem Doppelbett, vier mit zwei Einzelbetten.

Das Resort verfügt über fünf, im Minahasa Stil gebaute Holzbungalows, die in einem abgelegenen Teil der Anlage, nicht weit vom Clubhaus entfernt liegen. Diese liebevoll mit Rattanmöbel eingerichteten Bungalows bieten nicht nur eine wunderschöne Aussicht über die Bucht, sie sind vor allem massgeschneidert für Paare. Zur Ausstattung gehören ein Himmelbett, Regendusche mit Warmwasser, Klimaanlage, ein geschmackvoll eingerichtetes Bad und eine Veranda.